Dès son arrivée à Camelot, le jeune Merlin est accueilli par le médecin de la Cour prénommé Caïus. Il va rapidement découvrir les dons que possède Merlin…
Hélas, toute personne surprise ou suspecté d’utiliser la magie se verra condamnée à mort, par ordre du Roi Uther Pendragon en personne.

Heureusement, Gaius est un homme bon qui semble avoir connu la magie, d'avantage que ce qu'il nous laisse bien penser.
Il décide de protéger et de conseiller Merlin.
Au fur et à mesure que l'histoire évolue, il s’installe entre eux une relation forte telle celle d’un père et son fils.

Merlin va rencontrer plusieurs personnes :
En premier le jeune Prince Arthur avec qui la rencontre est électrique, Arthur semble être a quelqu’un de fier, prétentieux et au-dessus de tout car fils du Roi.
À cause de sa, Merlin va se retrouver au cachot puis finalement au pilori pour avoir osé le défier.

Il va par le même temps faire la connaissance de Gwen, jeune dame de compagnie de Lady Morgane.
Mais malgré les sentiments qu'elle semble éprouver envers Merlin celui-ci semble n’éprouver que de l’amitié. Il est toujours là pour l'aider.

Il fait également la connaissance de Morgane, pupille du Roi et jeune femme d’une grande beauté. Celle-ci s’entend bien avec Merlin. Il tombera même sous son charme.
Il semblerait que la jeune femme, victime de rêves prémonitoires, partage un pouvoir comme le sien.


Merlin cherche désespérément des réponses à toutes ses questions qu'il se pose par rapport à ses dons, il va avoir des réponses :
Une nuit, il entend une voix qui l’appelle, apprenant que le dernier des dragons est enfermé sous le château, il décide d’aller le rencontrer.
Le Grand Dragon lui révèle qu’une grande destinée l’attend, lui seul pourra aider Arthur à devenir le nouveau roi du Royaume, la magie réapparaîtra et Merlin et Arthur vivront leurs destinées.

Suite à ces révélations, Merlin va se résigner et va, pour la première fois, sauver Arthur.
En récompense le Roi le nomme serviteur du Prince, ce qui ne les enchante guère.

Le serviteur et le Prince vont développer, petit à petit, une grande amitié. Chacun donnerait jusqu'à sa vie pour l’autre. Merlin sauvera Arthur à de nombreuses reprises, ce dernier sauvera aussi la vie de son serviteur.

Merlin apprend à faire des choix, bon ou mauvais, tout en gardant à l’esprit sa destinée. Il use de la magie afin de sauver les gens tout en devant en subir les conséquences.
Arthur va grandir, mûrir et aussi laisser transparaître un homme soucieux du bien être de son peuple, lui aussi, va devoir lui aussi faire des choix :
Choisir entre les ordres de son père, la haine de la magie et ses propres conceptions, ses envies et lutter pour ce qui lui semble juste.
C’est qu’il va faire souvent, quitte à désobéir à son père il va devoir prendre ses propres décisions conscient de son futur rôle de Roi.

Merlin fera d’autres rencontres en particulier celle de Lancelot :
Lancelot est un jeune homme très courageux, fort et excellent combattant voulant devenir chevalier de Camelot mais n’étant pas noble de naissance, il ne peut accéder à ce titre.
Merlin l’aidera en lui procurant de faux titres de noblesses. Il sera alors fait chevalier et entretiendra une relation de respect mutuel avec Arthur. Il se rapprochera même de Gwen.
Cependant la supercherie est découverte et Lancelot doit quitter Camelot. Peut être qu’un jour il fera son grand retour dans le royaume…

Mais les dangers rôdent. Un jour arrive un petit garçon nommé Mordred.
Au premier abord, les yeux bleus de ce petit garçon fascinent mais ne sont peut être pas aussi innocents que cela. Mordred fait partie du clan des druides et a un incroyable don : la télépathie.
Il être poursuivi à Camelot alors qu’il était en visite avec son père.
Merlin va l’entendre et le sauver de justesse des gardes. Ils vont trouver refuge dans la chambre de Morgane. Celle-ci, va le soigner et va, étrangement, développer un lien très fort avec le petit garçon. Elle ira jusqu’à défier le Roi pour le protéger.
Pourtant, Merlin se méfie de lui et ce encore plus lorsque le Grand dragon lui annonce que la destiné de l'enfant est de tuer Arthur, quant il sera devenu Roi.

Cependant Arthur accepte d’aider Morgane et ramène Mordred à son peuple avec l'aide de Merlin, Mais qu’adviendra-t-il de lui ? Sera-t-il réellement une menace? La dernière grande menace est une sorcière du nom de Nimueh : cette sorcière de l’ancien temps voue une haine terrible pour Camelot et en particulier à son Roi Uther. Celui-ci, alors qu’ils étaient encore amis, lui demanda de donner un enfant à lui et sa femme Ygraine. Mais en compensation de la vie créée la Reine mourra en donnant naissance à Arthur. Depuis Uther tient la sorcière pour responsable. Nimueh tentas de détruire Camelot et tout les proches du roi, mais elle essuya des échecs.

Au fil du temps Merlin va évoluer autant au niveau de ses pouvoirs que moralement, il va peu à peu accepter ce qu’il est tout en se demandant si il doit dire ou non son secret… Mais des personnes proches peuvent changer comme Morgane ou le Grand Dragon… Morgane montre déjà sa force morale pour ce qui lui semble juste et ce qui lui tient à cœur. Elle va défier de nombreuses fois l’autorité d’Uther en conseillant Arthur à faire ses propres choix en désobéissant à son père, en voulant sauver Gwen. Mais sa colère envers Uther va la conduire à vouloir comploter contre la vie du Roi. Merlin tentera de sauvé le roi, Morgane retrouvera la raison après les excuses d’Uther et sauvera le Roi. Mais, Merlin a totalement perdu confiance en la jeune femme et même si ses visions sont vraies, il rejette ses conseils.

Mais par la même occasion, Merlin perdra aussi toute confiance envers le Dragon. Déjà ce dernier lui recommande d’aider les rebelles à tuer le Roi. Mais alors que plus tard Arthur est mortellement empoisonné, il dit à Merlin que le seul moyen de sauver Arthur est d’aller voir un sorcier de l’ancienne religion et lui demander le seul antidote capable de le sauver. Ce sorcier c’est autre que Nimueh… Elle lui donne l’antidote mais la loi de l’ancienne religion est claire : toute vie sauvée exige une vie en compensation, l’équilibre devant être respecté. Alors que Merlin pensait que ce serait sa vie qui serait prise, il découvre que c’est sa mère qui doit être sacrifiée. Merlin est furieux et voit là une trahison du Dragon. Surtout quand ce dernier avoue que son intérêt premier n’est pas le bien être de Merlin mais sa propre liberté et le retour en puissance de la magie. Merlin promet de ne jamais le laisser sortir de sa grotte et laisse un Dragon furieux contre lui. Il fait ses adieux à Arthur et partira, le lendemain, voir Nimueh. Mais Gaius ne l’entend pas comme ça. Il décide de prendre la place de Merlin et se rend auprès de la sorcière. Merlin refuse le sacrifice de son ami et part le sauver. Mais lorsqu’il arrive Gaius semble déjà mort. Un combat s’engage entre Nimueh et le jeune sorcier. Alors que le sorcier paraît en mauvaise posture, il arrive à détruire Nimueh grâce à la foudre. Gaius reprend conscience et est alors sauvé ainsi que la mère de Merlin.

La détentrice du pouvoir de vie et de mort qu'est Nimueh est-elle vraiment morte?
Merlin avouera-t-il son secret à Arthur?
Arthur se rapprochera-t-il de la belle Guenèviere?
Qu'a vu Morgane dans son rêve terrifiant?

Merlin rencontrera des alliés, mais aussi des ennemis .....